Hydrokolonoterapii można poddać się bez specjalnego przygotowania. Z doświadczenia jednak wiemy, że dobre rezultaty widoczne są, gdy Pacjent minimum dzień przed zabiegiem przestrzega diety lekkostrawnej. W tych dniach zaleca się unikanie ciężkich smażonych pokarmów, białka pochodzenia zwierzęcego, warzyw takich jak groch, kapusta. Należy również ograniczyć nabiał, pieczywo (gluten), surowe warzywa i owoce przy jednoczesnym piciu dużej ilości wody niegazowanej (1,5-2 l.).  Dzień przed zabiegiem poleca się wypić napar z nasion siemienia lnianego, który otuli ściany okrężnicy i tym samym ułatwi proces oczyszczania.